据工商注册信息查询，截止到2020年9月，经营范围含有柑橘业务的注册主体数量为23970个，其中专业合作社5364个，家庭农场11168个。种植环节的小农户为主特征带来组织化程度低、组织起来成本高的问题，进而带来价值链存在的一系列其他问题，如标准化程度低、种植技术推广成本高等问题。
专业合作社是解决小农组织化程度低的有效载体，然而我国柑橘专业合作社同时存在数量不足及发展质量不高问题。据农业农村部官方网站和国家统计局信息，我国农业专业合作社约220万个，而我国村庄数量约为70万，平均每个村庄建立了3个专业合作社，其交易规模整体较小，而且还同时存在大量“空壳社”。
专业合作社交易规模小难以发挥出规模效应，无论是农资采购还是主动对接客商甚至在城市批发市场建立销售网点方面。专业合作社发展质量不高还体现在其商业模式上不能与农民形成利益共同体，多数专业合作社与农户合作方式为一次性买断式合作，也即是农户从合作社购买农资或者将水果销售给合作社，合作社与商业公司的定位和作为没有区别，不能与农户形成利益共同体，帮助农户进行联合销售或者联合采购进而共同分享收益和承担风险。商品化和标准化水平低
柑橘的商品化处理环节一般包括清洗、分选、保鲜处理、标签、包装等过程。美国果蔬采后商品化率达80%以上，意大利、法国、加拿大等达到60%以上，水果采后损耗率5%以内，而我国果蔬商品化率仅为10%左右，采后损耗率高达30%。我国柑橘除了面临商品化处理比例不高问题，还面临商品化处理水平低、柑橘附加值难以提高问题。
背后原因是产地商品化处理设施投入不足，且处理设施技术落后。由于商品化处理资产独有较强专用性，加上水果采摘及销售周期一般2个月左右，商品化设施产能利用效率低，投资回报周期长，社会资本投入积极性不高，普遍为小规模的分选加工设施。
此外，我国柑橘标准化呈现出标准制定与标准需求严重脱节问题。从行业主管部门角度看，我国建立了柑橘行业的专项标准，包括国家推荐性标准、农业主管部门推荐标准和商务主管部门推荐标准，涉及柑橘栽培技术、采摘技术、检验方法、标签与包装、水果分级、储藏等环节，相对完善。
但从行业经营主体来看，部分标准己经过时，不符合柑橘行业新的发展环境，部分标准在制定时候没有充分考虑到行业实际，造成缺乏应用价值。以2014年发布的《柑橘类果品流通规范》CSB/T 11028-2013)为例，相比下游大型零售商百果园的耙耙柑采购标准，《柑橘类果品流通规范》具有以下方面不能相应百果园采购需求。
一是《柑橘类果品流通规范》对柑橘鲜果等级根据果面及缺陷、色泽、风味及质地划分为一级、二级、三级，除果面及缺陷方面设定一定定量的指标外，对风味及质地指标没有定量性要求。成熟度和甜度是影响度水果品质的重要指标。百果园除了果面有定量要求外，对耙耙柑的成熟度和糖度也提出具体量化要求，如A级耙耙柑成熟度要求8-9成、糖度要求大于12。
二是《柑橘类果品流通规范》根据果径大小或者重量将甜橙类、宽皮柑橘类、袖类划分为6个规格，包括3L, 2L, L, M, S, 2S，大于3L和2S的视为等外果，而百果园的规格标准是根据具体品种进行划分，如耙耙柑、蜜桔、春见等，规格标准更具有针对性，而且对规格标准要求较为严格，如A级耙耙柑单果直径要求85mm-95mm。
三是百果园采购标准对指标的要求更为广泛，百果园水果采购标准涵盖核心标准、主要标准、辅助标准和安全标准，但其中的部分指标要求在《柑橘类果品流通规范》没有进行体现。
产区价格周期波动
相比粮食作物，柑橘是经济作物，附加值高，带动就业效应明显，而且柑橘主要种植在丘陵和山区，不与粮食争地，柑橘种植项目容易成为产业振兴和扶贫项目的进入领域。部分项目落地不符合产业发展规律，造成大量非优势产区也种植柑橘，产品品质不高，难以对接销路。大量非品质柑橘流入到市场，冲击市场行情，价格波动显著。
不像粮食作物，柑橘是多年生植物，而且果园建园前期己投入大量成本，农户难以根据市场行情调控产量或退出种植。一般情况下，农户投入行为呈现出“价格上涨*投入增加*产量增加*价格下跌*投入降低*产量降低*价格上涨，，规律，柑橘价格大小年规律显著。
以柑和桔为例，虽然销售价格随成本上涨呈现出长期上涨态势，但相邻年份或每隔2-3年价格交替变化现象显著。2001-2018年，柑的农户销售价格由1.3元/公斤增加到3.6元/公斤，桔的价格由1.3元/公斤增加到3.1元/公斤。其中，2001-2007年期间和2010-2018年期间，柑的销售价格基本呈现出每隔1年交替增减，而2001-2013年期间，桔的销售价格基本呈现出每隔3年交替增减。
产区柑橘价格显著波动不利于行业发展，出现种植户大幅亏损或暴利年份，最终导致行业发展可持续难度增大。因为年鉴中统计的是平均销售价格数据，即不同省份、不同种植户销售价格存在一定差异性，其种植成本也存在差异，这意味着每一次的行业销售价格波动都可能带来部分种植成本高的农户面临亏损风险。柑橘种植投入较高，且种植行业难以获得贷款支持或贷款成本高，出现大幅亏损情况下，农户难以有资金继续投入下一年柑橘生产，失去抓住行情周期性恢复的机会。
柑橘市场价格受天气、节假日、上市量等因素综合决定，一般节前价格高而节后价格低，天气热或者晴天价格高，而下雨和冷冻天气价格降低。不同的产地需要竞争来获取批发市场份额。柑橘在批发市场的价格一般呈现出上市早期和尾期价格高、中期集中上市期价格低规律。
农产品生产及消费的区域分离，以及流通链条长决定了农产品交易市场存在信息不对称问题，其中产地及销地对供需信息不对称是主要问题。柑橘上市早期，农产品价格更多由主产区产地销售价格决定，一般会有一个相对理想的价格，随着产地向批发市场发货数量增加，批发市场供应量增加，批发市场价格会出现下降，但主产区难以及时获取到批发市场的供需信息，会按之前的预期价格继续发货，加上其他产区柑橘逐渐上市，产地发往批发市场的柑橘继续增加，可能造成过剩，进而造成批发市场价格低于产地采购价格。当产地采购价格低于农户采果成本情况下，会出现滞销问题。
流通链条复杂，流通效率低
我国农产品品牌营销渠道不稳定、流通效率低。柑橘流通主体分为产地流通主体、城市流通主体以及将产地销地贯通的新型流通主体，产地流通主体涉及到代办、包装和分选厂、产地批发商，城市流通主体涉及到城市一批、城市二批、集贸市场、商超、水果店等多种流通业态，新型流通主体包括产地直采的城市供应链企业、大型商超、以及电商平台。
根据行业调查，从终端角度看，消费者通过集贸市场购买农产品占比达到70%，通过电商占比5%，通过商超及其他业态占比25 %。农产品终端流通终端主要通过集贸市场以及种植规模化程度低，这决定了柑橘流通价值链以“农户*代办*销地一批*销地二批*集贸市场”为主。
以批发市场为主的流通模式虽然可以提高农产品流通效率，但其弊端也越来越明显。柑橘与工业品甚至粮食作物不同，柑橘属于生鲜类农产品，在货物装卸和搬运过程中易出现破损，且保存周期短、损耗大。流通环节多意味着需要装卸、搬运及运输的环节多，加上柑橘商品化处理不高，柑橘面临高损耗损失风险难以避免。
据行业调研，橙子、橘子、袖子流通过程中损耗率分别达到16%, 20%和6%，其中损耗最大的环节发生在从田间到批发市场环节，然后分别是批发市场到零售市场环节、零售市场到餐桌环节。而发达国家由于完善的冷链流通设施以及大型流通主体为主，农产品损耗一般在5%以内。损耗代表着价值的流失，损耗的成本最终需要整个价值链的所有主体来承担。不同水果比较来看，葡萄、香蕉、草毒最大，均达到40%以上，而苹果及哈密瓜相对较小在5%以内。
新品种保护制度有待完善
新品种是品牌柑橘建立差异化优势的重要载体。全球知名水果品牌企业佳沛愿意每年投入大量资金用于新品种研发，就在于其能通过品种研发获取到大量品种种植许可费用和使用费用，同时通过新品来提高其产品的差异化竞争力，进而领先同类产品和获取更高市场占有率。
与粮食作物或蔬菜相比，粮食作物和蔬菜为一年生植物，而且其种子多为杂交种子，种植结束后，农户需要每年向种子公司购买种子才能保持种子性状不退化，维持产量和品质，这样可以激励种子公司不断创新和投入，向市场提供具有竞争力的种子。
而柑橘为无性繁殖植物，可以通过枝条嫁接即可以实现引种，而且是多年生植物，意味着一旦引种成功农户不再继续向育苗公司购买果苗。我国柑橘品种创新投入不足，一方面是行业市场规模远小于粮食作物种子市场，更重要的是品种保护环境不够完善，造成育种企业投入难以回收。
由于缺乏理想的品种保护制度，柑橘育种企业的利益不能得到有效保护，创新投入和激励有待提高。《植物新品种保护条例》虽然经过多次修改，将“农民自繁自用授权品种的繁殖材料，，情况完善为“农民自繁自用授权品种的繁殖材料，数量不应超过其家庭联产承包土地的合理自用量”情况，可以不经品种权人许可并且不需要支付使用费，但整体来看本质上对育种企业的品种保护强度没有变化。
我国柑橘种植以农户为主，法律对农户自繁自用并且数量不超过合理自用量的行为没有限制，“合理自用量”定义模糊、维权不具有操作性，且农户自繁自用难以有效监管，从整体上不利于育种企业控制其品种的传播和收取费用。品种研发和商业化需要大量时间和金钱投入，而品种一旦上市却面临品种得不到有效保护情况，将导致育种企业投入创新积极性不高。
另外一方面，育种企业只能前期通过大量出售种苗来快速回收成本，缺乏有序控制新品种产能的动力，造成新品种产能快速过剩。理想的商业模式应该是农户或其他种植主体首先支付一部分种苗费，然后根据其产量或收入情况给予育种公司一定分享比例，实现共赢共享，而非一次性交易，这样育种公司有控制种苗销售规模和行业产能的动力，进而分享到整个价值链带来的利益。
结合波特价值链体系划分方法以及我国农产品价值链实际情况，可以将柑橘价值链分为四个环节:种植、产地集散与加工、销地分销、零售。其中调研中的柑橘产品四个环节获得的价值分别为2.5元/斤、1.87元/斤、1.23元/斤、1.1元/斤，分别占终端销售价格的比例为37.3%,27.9%，18.4%和16.4%。
我国柑橘价值链主要存在以下五个方面问题。一是种植环节组织化程度不高；二是商品化和标准化水平低，与发达国家有较大差距；三是产区价格周期波动，农户投入行为呈现出“价格上涨*投入增加*产量增加*价格下跌*投入降低*产量降低*价格上涨”规律，柑橘价格大小年规律显著；四是流通链条复杂，流通效率低，柑橘流通以农户*代办/经纪人*销地一批*销地二批*集贸市场方式为主；五是新品种保护制度有待完善。